Bom primeiramente vc manda o stage para a pasta com o nome do Stage.
Depois de feito isso vc copia o nome do stage. Abre a pasta Data, clica com o botão direito do mouse em "select" e abrir.
Onde fica todos os stages, mais para o fim da pagina vc colocará o seguinte:
stages/o nome do stage e .def.
ou seja ficará assim:
stages/jiraiyas_theme.def
Depois disso abra seu mugen e teste, e pronto.
Impressionante ñ?